南通城市博物館地處南濠河黃金地段，與著名的南通博物苑隔河相望。由兩院院士吳良鏞先生和建筑大師何玉如先生親自主持設計。2005年8月2日，江蘇省第一座城市博物館——南通城市博物館在該市建成并部分對外開放。南通被譽為“中國博物館之城”。
博物館分為東、西兩館，東館為兩幢近代歷史建筑改建整修而成，新建的西館總面積13500平方米。城市博物館采取館中館的形式，西館設中國近代第一城展覽館、南通規劃館、精品人居館、建筑成就館。東館將開設個人收藏館、中國近代第一城全盛縮微館和南通名人雕塑館。西館底層為“近代第一城”展覽館。通過場景復原展示南通城市發展歷史及“近代第一城”城市建設、實業、文化、教育等成就。

　　城市博物館突出參與性、互動性和通俗性。運用聲光電及多媒體虛擬現實手段集中設立互動廳，有千里眼看南通、暢游南通等八個多媒體互動項目。在各展廳結合展示內容分別設置了總體規劃模型互動、幻影成像等十多項互動項目。